Comentario
La iglesia americana tuvo dos grandes cometidos: Convertir a los paganos y cuidar las almas de las comunidades cristianas (españoles, criollos y mestizos). Los esclavos estaban incluidos teóricamente entre las últimas, pues eran bautizados al llegar. Lo primero se encomendó a los regulares, lo segundo a los seculares. Surgieron así dos Iglesias, una de choque, encargada de las almas de los indios, y otra de retaguardia, que atendía las de los ciudadanos, principalmente españoles.
Las órdenes religiosas de franciscanos, dominicos, agustinos y finalmente jesuitas, hicieron una gigantesca labor de adoctrinamiento de los naturales. Roma intentó asumir cierto protagonismo en esta actividad el año 1568, cuando creó la Congregación para la Conversión de los Infieles y, sobre todo, a partir de 1622, año en que creó Propaganda Fide, precisamente con un propósito misional en América, pero España (también Portugal) no permitieron que el Papa se injiriese en sus asuntos, por lo que tuvo que limitarse a recomendar políticas de evangelización a través de su nuncio. Tampoco las órdenes regulares respondieron favorablemente a la intromisión papal, pues por entonces tenían ya organizado su sistema misional en tierras marginales de la colonización y necesitaba sostenerlo con ayuda del rey de España, más que con los buenos consejos papales.
La actividad del clero regular en Hispanoamérica fue enorme, sobre todo en el siglo XVI, cuando América tuvo una iglesia que puede calificarse de frailes. Entre 1493 y 1600, pasaron a América 5.428 de ellos, que controlaron no sólo las misiones sino también las primeras parroquias de las ciudades recién fundadas y hasta altos cargos eclesiásticos. Baste decir que 142 de los 214 obispos nombrados a lo largo del siglo XVI fueron regulares. Durante el siglo XVII este clero perdió preponderancia, pero ganó enraizamiento, pues se nutrió de vocaciones criollas y mestizas. El clero regular jugó un gran papel en la defensa de los indios, particularmente los dominicos. La gran figura de Las Casas representó la mejor crítica al sistema laboral impuesto a los indios y de ella derivaron numerosas leyes en favor de los naturales.
El clero secular cuidaba de la atención espiritual de los cristianos con su organización jerárquica y estaba bajo el control del Regio Patronato, que nombraba los candidatos para las vacantes. En sentido estricto, el Consejo de Indias proponía los candidatos y los nombraba el Papa, pero en la práctica todo funcionaba como si los nombrara el Rey, ya que el elegido por éste para un beneficio partía para su plaza sin esperar el nombramiento papal, que le llegaba cuando ya estaba ejerciendo, momento en que simplemente se le consagraba. El Clero secular fue por esto doméstico a los intereses reales, cosa que no ocurría con el regular, controlado por los Priores elegidos en los capítulos de cada orden. La Corona intentó algunas maniobras para controlar a los regulares (pudo vetar el paso de los religiosos), fracasando siempre, hasta que, en 1574, entró en vigor el decreto del Concilio de Trento, que prohibía ejercer acción pastoral sobre seglares a quienes no dependían de un obispo. El clero regular debía abandonar por ello todas las antiguas iglesias misionales transformadas por el tiempo en parroquias de las ciudades y cederlas al clero regular, con la aquiescencia del Regio Patronato. El asunto se prestó a situaciones extrañas. Así, el Chocó, donde los jesuitas habían establecido misiones en 1654, se declaró de pronto una zona civilizada en 1686, a poco de haberse encontrado oro en su territorio. La verdad es que se encontraba casi igual que en la época precolombina, pero los jesuitas se fueron y llegaron los sacerdotes seculares. Los regulares buscaron el amparo del Regio Patronato para no someterse a los seculares. Algunos, como fray Alonso de la Veracruz, defendieron con ardor la teoría del Vicariato Regio, según la cual los reyes venían a ser casi pontífices (Vicarios) de la Iglesia indiana, por haber delegado los papas en ellos la labor misional. A esta postura se sumaron personalidades como Mendieta, Remesal, Silva y Solórzano. Roma denunció el peligro regalista al que conducía dicha teoría y se puso en marcha una gran polémica, en la que el Consejo de Indias no quiso mediar. De su postura de equilibrio da prueba el hecho de que 94 de los 185 prelados nombrados en el siglo XVII fueron regulares y 91 seculares. Desposeída de sus parroquias de españoles, la iglesia regular se replegó a los territorios de misión, donde tuvo una vida más opaca, aunque no menos importante.